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        在首任院长蔡元培任内，中央研究院陆续在南京、上海等地设立十个研究所。

        其中，理化实业研究所于年月筹设，下有物理组、化学组、工程组。年月分立为物理研究所、化学研究所、工程研究所，均在上海。

        地质调查所于年月筹设，年月在上海成立地质研究所。

        社会科学研究所于年月筹设，年月正式成立，下有法制组、民族组、经济组、社会组，前两组在南京，后两组在上海。年月，中华教育文化基金董事会之北平社会调查所并入该所，年改称社会研究所。

        观象台于年月更名，下有天文组、气象组。年月分立为天文研究所、气象研究所，均在南京。

        语言历史研究所于年夏设于广州中山大学，年月在中山大学筹设历史语言研究所，月日迁入广州柏园正式成立，后迁北平。

        体质人类学研究所于年由史语所第四组中抽出另设，抗战胜利复员后因限于经费，又由史语所收回接办。

        自然历史博物馆于年月筹备，年月成立于南京，年月更名为“动植物研究所”，年月分立动物研究所、植物研究所。

        心理研究所于年月决定设立，年月筹备，年月在北平正式成立。

        数学研究所于年筹备，年在上海正式成立。

        医学研究所于年筹备。

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